Era maestro de capilla en la catedral de Calahorra (La Rioja) en 1691 cuando fue invitado a Pamplona, donde  todavía sobreviven varios villancicos con orquesta y un himno en latín suyos. Fue allí maestro de capilla entre 1691 y 1695. El 22 de abril de 1695 fue nombrado maestro de capilla de la Seo de Zaragoza, donde continuó hasta por lo menos 1705. A finales de 1708, el cabildo de la Catedral de Santo Domingo de la Calzada (La Rioja) – donde su hermano Blas de Cáseda era maestro desde 1704 - le admitió como capellán de la Congregación. En Santo Domingo se quedó al menos hasta mayo de 1710, supliendo además a los contraltos y ayudando a la capilla de música. En 1716 estaba en la Catedral de Sigüenza.

Su obra se encuentra diseminada por multitud de archivos eclesiásticos. En la colección Sánchez Garza, actualmente conservada en Ciudad de México (pero procedente de un convento trinitario de Puebla) hay un villancico de José de Cáseda (“Sagrado pajarillo”) y otros cuatro atribuidos simplemente a Cáseda (sin especificar nombre), mientras que en la propia catedral poblana hay un “Beatus vir” a cuatro coros del mismo autor y una misa a doce voces donde sólo figura el apellido.

Hilarión Eslava, que publicó un "Kyrie-Gloria" suyo (Lira Sacro-hispana, Siglo XVII, 1 ser., i, Madrid, 1869), se equivocó refiriéndose a él como un maestro Sevillano.